Metagenoma shotgun

Metagenoma shotgun

La secuenciación completa de genomas microbianos desde matrices complejas (shotgun metagenome), tales como virus, bacterias o plásmidos, puede ser útil para ensayos de calidad de alimentos en salud pública, la vigilancia de enfermedades infecciosas y estudios de epidemiología molecular, como también para estudios de metagenómicas ambientales.

 

 

Especificaciones del Servicio

Requerimientos de las muestras:

  • Concentración mínima: 8 ng/uL de DNA
  • Volumen mínimo: 20 uL

Secuenciación:

  • Plataforma Illumina HiSeq, lecturas 100 o 150 Pair End, ~ 5Gb por muestra

Análisis Bioinformático

  • Control de calidad de las lecturas y limpieza de adaptadores
  • Prueba de ensambladores
  • Enmascaramiento de zonas repetitivas
  • Refinamiento de los ensambles
  • Estadística del ensamble
  • Predicción de genes
  • Anotación de genes codificantes
  • Anotación de genes no codificantes

Durante las distintas etapas del servicio, Ud. recibirá:

  • Reporte QC muestras
  • Reporte genotecas
  • Reporte secuenciación
  • Raw data
  • Data procesada y anexos
  • Reporte Final

¿Tiene usted alguna otra necesidad que no hayamos cubierto?