Genotipificación por Secuenciación (GBS)
Este análisis permite el descubrimiento de nuevos SNPs a partir de un gran número de muestras simultáneamente, lo cual permite realizar una genotipificación a un menor costo, siendo una alternativa más costo-efectiva que los arrays. Las aplicaciones que tiene este análisis son mapeo y/o screening genético y estudios de variedad genética en organismos con y sin genoma de referencia.
Especificaciones del Servicio
Requerimientos de las muestras:
- Concentración mínima: 20 ng/uL de DNA
- Volumen mínimo: 40 uL
Secuenciación:
- Plataforma Illumina HiSeq, lecturas 100 o 150 Pair End, ~ 5Gb por muestra
Análisis Bioinformático
- Control de calidad de lecturas
- Estadísticas de la producción de data
- Alineación de lecturas contra genoma de referencia (en caso que exista referencia)
- Agrupación de lecturas de manera individual y poblacional (en caso que no exista referencia)
- Detección de SNPs
- Construcción de árbol filogenético
Durante las distintas etapas del servicio, Ud. recibirá:
- Reporte QC muestras
- Reporte secuenciación
- Raw data
- Data procesada y anexos
- Reporte Final
¿Tiene usted alguna otra necesidad que no hayamos cubierto?
Servicios
- Secuenciación NGS
- Bioinformática
- Ensamble y Anotación de Genomas
- ddRAD
- Análisis de datos de Genotyping by Sequencing (GBS)
- Análisis de datos de Exomas
- Identificación de variantes de amplicones
- Análisis de datos de RNA-Seq
- Análisis de datos de smRNA
- Análisis de datos de dual RNA-Seq
- Análisis taxonómico de 16S
- Análisis taxonómico de 18S/ITS
- Análisis de datos metagenómicos
- Análisis de datos metatranscriptómicos
- Análisis de datos de Deep-sequencing viral